W roku 1412, kiedy Butryny otrzymały lokację, istniała już prawdopodobnie parafia. Pierwszy kościół wymieniany w dokumentach z XIV wieku był konstrukcji drewnianej i spłonął w 1682 roku. Siedem lat później rozpoczęto budowę murowanej świątyni w stylu barokowym.

  Konsekracji nowego kościoła dokonał w 1724 roku biskup Jan Franciszek Kurdwanowski. Ta świątynia także spłonęła w czasie pożaru w 1886 roku i odbudowana została w latach 1887–1888 w stylu neogotyckim, z wykorzystaniem starych murów. Kościół jest budowlą salową na rzucie prostokąta z szerokim, płaskim ryzalitem w elewacji wschodniej. Ołtarz główny ma styl barokowy i pochodzi z 1681 roku. W bocznym ołtarzu znajduje się obraz z XVII wieku przedstawiający św. Antoniego z Dzieciątkiem. Obecny kształt kościoła uzyskano dopiero w 1934 roku, kiedy to ukończono budowę kościelnej wieży.

  Pod koniec XIX i na początku XX w. z kościołem św. Jakuba Apostoła związani byli księża Walenty Barczewski oraz Wacław Osiński, którzy zasłynęli z patriotycznej działalności na rzecz polskości Warmii.

  W kościele w Butrynach witano każdego nowego biskupa Warmii podczas uroczystego wjazdu do diecezji. Nowo mianowani biskupi przyjeżdżali starym traktem warszawskim, biegnącym przez pobliskie Bałdy. Na polach pod Bałdami powstała Aleja Biskupów z tablicami informacyjnymi, poświęconymi wszystkim 51 dotychczasowym biskupom warmińskim. Zbudowano tam też symboliczne Wrota Warmii. Od 2008 roku corocznie w pierwszą sobotę lipca odbywa się tam uroczystość pn. Kiermas Warmiński, podczas której można m.in. obejrzeć rekonstrukcję historycznego wjazdu biskupa na Warmię. Na terenie parafii znajduje się kościół filialny pw. św. Józefa w Nowej Wsi, zakupiony od gminy ewangelicko-augsburskiej w roku 1978 jako wotum księży dla diecezji warmińskiej.

  W pobliżu kościoła stoją dwie murowane kapliczki – jedna z nich, klasycystyczna, pochodzi z drugiej połowy XVIII w., a druga, w stylu neoklasycystycznym, z XIX w.